През 1985 г. получава хабилитация като доцент по византийска история и оттогава чете основния курс по История на Византия. През 1995 г. получава професорско звание с хабилитационния труд "Византия. Културно-политически очерци", С., 1995. Специализира в Института по Югоизточна Европа в Букурещ, Солунския университет "Аристотел“ и Центъра по византийски проучвания-Солун. През 1986–1990 г. е заместник директор на Центъра за славяно-византийски проучвания „Иван Дуйчев“ при Софийския университет. От 1990 до 1993 г. е земестник-декан, а от 1993 до края на 1999 г. декан на Историческия факултет. От 2000 до 2003 е ръководител на катедра „История на Византия и балканските народи“. Заместник-ректор е на Софийския университет „Св. Климент Охридски“ в периода 2003-2007 г. Чел е лекционни курсове във Великотърновския университет „Св.св. Кирил и Методий“, Югозападния университет „Неофит Рилски“, Пловдивския университет „Паисий Хилендарски“. Удостоен е с орден "Св. Св. Кирил и Методий" I степен и почетен знак на Софийски университет „Св. Климент Охридски“ със синя лента. Той е член на Научния център за Българска национална стратегия, директор на Научния център за изследване на Българите при ОБФ „Тангра-ТанНакРа“ и главен редактор на списание „Български векове“ и „История“. Научните интереси на проф. Бакалов бяха в областта на византийската политическа и институционална история, на българската средновековна история и християнската култура на Балканите. Автор е на четиринадесет монографии, над 380 студии и статии, учебници и учебни помагала и др.